后内部不稳，又发生饥荒，需要通过对外战争来转移和缓解矛盾。

天启七年（1627年）正月，皇太极派其堂兄二贝勒阿敏率军进攻朝鲜，同时将明将毛文龙列为进攻目标，史称“丁卯胡乱”。后金军无法渡海攻击毛文龙在岛上的据点，但迅速攻陷了毛文龙在陆上的铁山据点。对朝鲜的攻势更是势如破竹，从义州、安州、平壤一直打到黄海道的平山。仁祖率仁穆大妃和群臣避难于江华岛，同时命昭显世子分朝于全州。后金军的目的并非占领朝鲜全境，而是迫使朝鲜屈服。双方在短暂交战后展开外交交涉，三月初三在江华岛达成盟约，双方结为兄弟之国，阿敏撤军时又擅自在平壤与朝鲜人质原昌君李玖另立一约，规定朝鲜向后金输岁币。不久，后金又要求朝鲜 开 市 中江，与之贸易，朝鲜被迫一一答应。

然而，朝鲜与后金之间的关系并未因此缓和。朝鲜给后金输送的“岁币”质量低劣，被皇太极退回；朝鲜答应会宁开市，却迟迟不兑现；朝鲜放任越境采参和狩猎，以及在后金逃人问题上的争端，使得两国关系进一步恶化。更重要的是，朝鲜在明金之间的暧昧关系，一面称臣明朝，一面与明的敌国后金修好，这种双重立场注定不能持久。

崇祯八年（1635年），皇太极征服蒙古察哈尔部，以获得传国玺为借口欲称皇帝，朝鲜自然不肯就范。崇祯九年（1636年）二月，皇太极派龙骨大（英俄尔岱）、马夫大（马福塔）及数十名蒙古人来朝鲜，借春信、吊祭（仁烈王后之丧）为名，劝朝鲜请皇太极进帝号，仁祖君臣对此反应强烈，坚决拒绝。三月初一日，仁祖晓谕朝鲜八道，痛斥后金“僭号”企图，命令官民做好抵抗后金的准备。同年四月十一日，皇太极在盛京即皇帝位，改国号为大清，朝鲜春信使罗德宪、回答使李廓虽被迫参加贺礼，但拒绝三跪九叩，被皇太极遣返回国，清朝与朝鲜的紧张关系骤然升级。

在随后的几个月里，朝鲜分化为金尚宪为首的斥和派与崔鸣吉为首的主和派，斥和派占朝鲜士大夫的绝大多数，但仁祖内心偏向主和派。十月，仁祖向清朝派遣译官送去国书，委婉表达恳求和谈之意，却遭到皇太极拒绝，战争遂不可避免。仁祖一面命令平安道等地修缮城堡，防备入侵；一面强化对明关系，将斥绝后金之举转咨皮岛，得到明崇祯帝的“奖敕”，并派金堉以冬至使出使明朝，请求明廷提供硝石、硫磺。

崇祯九年（1636年）十二月，皇太极统率大军亲征朝鲜，“丙子胡乱”爆发。由于朝鲜与清朝实力悬殊，加上金自点等将帅的无能，清军不费吹灰之力就逼近汉城。十二月十四日，仁祖安排金庆征（领议政金琉之子）等护送王世子嫔、两名大君、宫中女眷、大臣家眷等先到江华岛避难，自己稍后出发。清兵先锋已在汉城近郊活动，仁祖担心途中被俘，选择就近逃到南汉山城。他还对战事抱有一丝希望，不愿无条件屈服，一面“亲自巡城，慰抚三军”，激励将士死守；一面命八道勤王，但各路勤王军皆被清军击退。十二月二十九日，南汉山城的朝鲜守军出击，惨败而归，从此龟缩不出。次日，汉城不战而失守。皇太极所率主力已至，将南汉山城围得水泄不通。

仁祖见在劫难逃，只好同清朝谈判。围绕出降问题，金尚宪为首的斥和派和崔鸣吉为首的主和派展开激烈争论。崇祯十年（1637年）正月二十二日，清军渡海攻陷江华岛，世子嫔及两名大君等都成了俘虏，这成为压倒仁祖君臣的最后稻草。正月二十八日，朝鲜接受了清朝提出的断绝对明关系、向清朝称臣纳贡的盟约。正月三十日，仁祖穿着蓝染衣，骑着白马，率世子及50多名随从官员出南汉山城西门，在汉江南岸的三田渡向皇太极行三跪九叩之礼，然后改换穿皇太极所赐的貂裘谢恩。从此，朝鲜成为清朝的属国。

五、坎坷而薨